基于GEO数据库芯片的脓毒症关键基因筛选与生物信息学分析

作者：董明骏; 李增攀; 周挺^*

来源：心电与循环, 2022, 41(06): 533-621.

• 脓毒症
• 生物信息学
• 基因综合表达数据库
• 关键基因

目的 对脓毒症患者基因芯片数据进行生物信息学分析，寻找差异基因谱。方法 从基因综合表达数据库中筛选出脓毒症高通量基因芯片GSE28750、GSE57065、GSE95233，通过GEO2R筛选出脓毒症患者与健康志愿者的差异基因，对差异基因进行基因本体论功能注释和京都基因与基因组百科全书通路分析，并进行蛋白质相互作用网络可视化分析，利用Cytoscape软件中Cytohubba和MCODE插件寻找关键基因。结果 共筛选出275个表达差异基因，主要分布于细胞膜、细胞质膜和细胞外间隙，主要参与免疫反应、固有免疫应答、炎症反应等生物学过程，富集于T细胞受体信号通路、造血细胞系、细胞黏附分子等通路。最后筛选出10个关键基因，分别为白细胞分化抗原（CD）4、CD8A、C-C趋化因子配体5(CCL5)、淋巴细胞特异蛋白酪氨酸激酶（LCK）、CD28、CD2、白介素7受体（IL-7R）、CD3E、白介素2受体β亚基（IL-2Rβ）、穿孔素（PRF）1。结论 CD4、CD8A、CCL5、LCK、CD28、CD2、IL-7R、CD3E、IL-2Rβ、PRF1是脓毒症关键基因，可能与脓毒症发生、发展相关。

• 单位
  宁波市医疗中心李惠利医院