肺炎克雷伯菌单基因分子进化分析及多位点序列分型与基因组系统学研究

作者：朱健铭; 姜如金; 吴康乐; 张烽; 翁幸鐾; 孔海深

来源：中华医院感染学杂志, 2014, 24(12): 2861-2864.

DOI：10.11816/cn.ni.2014-132770

• 肺炎克雷伯菌
• 泛耐药
• 全基因组测序
• 多位点序列分型
• 基因组系统学

目的比较7株已完成全基因组测序的肺炎克雷伯菌单基因分子进化分析及多位点序列(MLST)分型与基因组系统学研究的结果,研究其亲缘关系。方法采用Roche 454高通量测序技术对1株泛耐药肺炎克雷伯菌JM45株做全基因组测序(完成图),再与NCBI已完成全基因组测序的6株肺炎克雷伯菌9种看家基因进行单个基因分子进化分析,将该9个基因序列串联作MLST分型,并将7株肺炎克雷伯菌的全基因组序列作聚类分析(为Fast Minimum Evolutin法)。结果 JM45株测得一条完整的基因组(染色体)序列及两条质粒序列;因为不同的基因进化率不同,7株肺炎克雷伯菌9种看家基因单个基因序列的分子进化图并不一致;7株肺炎克雷伯菌MLST分型可见JM45株与HS11286株相同(即为同一型),1084株与NTUH-K2044株相同,但7株肺炎克雷伯菌基因组系统学分析可见,JM45株与HS11286株并不相同(即非为同一型),JM45株与HS11286株距离最近,与342株距离最远,其他各株介于二者之间。结论采用单个基因序列的分子进化分析法及MLST分型用作菌株亲缘性关系分析法并不可靠,本研究为国内首个单个看家基因分子进化分析及MLST分型与基因组系统学研究的比较报道。

• 单位
  杭州市余杭区中医院; 浙江大学医学院附属第一医院; 南通大学; 宁波市第一医院; 传染病诊治国家重点实验室