微生物次级代谢产物在改良土壤结构、提升土壤肥力、提高作物产量和改善作物品质等方面有重要作用。概述了微生物次级代谢产物的概念、来源及其作用，介绍了微生物次级代谢产物在细菌肥料、放线菌肥料和真菌肥料中的应用，分析了微生物次级代谢产物与肥料复配生产及使用过程中需注意的事项。针对微生物功能性肥料在开发、推广和应用中存在的问题，提出了应采取的措施，并对新型功能性肥料产业的发展进行了展望。
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