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摘要
【目的】从基因组比对及密码子偏性角度分析牦牛与其他牛亚科动物X染色体，有助于了解牦牛品种差异及系统进化地位，为其适应高原低压低氧环境和密码子优化提供参考。【方法】以牦牛X染色体参考基因编码区序列为参考，与普通牛和江河型水牛X染色体参考基因编码区序列进行基因组比对和基因共线性分析，同时进行基因注释，对过滤后的编码区文件进行相对同义密码子使用频率(RSCU)、ENC-plot、PR2-plot和最优密码子确定等偏性分析。【结果】在牦牛X染色体基因编码区发现了参与气管收缩、肺部呼吸及机体代谢等基因与普通牛和水牛存在差异，如KLHL13、CENPI和PGK1等基因；共线性显示长段由强选择压和突变压下表现出的交换线性区域；密码子分析中3种牛亚科动物密码子使用偏性相似，偏性均较弱，均偏向G/C结尾；强偏性密码子(RSCU≥1.5)均为CUG、GUG、AGA、AGG和UGA;牦牛、普通牛和水牛分别筛选出16、13和9个最优密码子，均以A/U结尾。【结论】牦牛与普通牛、水牛相比面临了更大的选择压力，累计的变异程度更大，三者的密码子偏性受到自然选择作用均大于突变作用。研究结果为牦牛的遗传育种、密码子优化和遗传资源开发利用提供参考。
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