大白猪GABRR2基因SNP筛选及结构、功能的预测和分析

作者：莫家远; 高九昱; 吕冬玲; 李月月; 田威龙; 梁晶^*; 兰干球^*

来源：基因组学与应用生物学, 2021, 40(04): 1471-1480.

DOI：10.13417/j.gab.040.000000

• 大白猪
• GABRR2基因
• SNP
• 生物信息学分析

为了筛选大白猪GABRR2基因的SNP和对GABRR2基因进行结构、功能的预测和分析,本研究利用30头大白猪混池为模板,通过PCR扩增GABRR2基因外显子,测序后进行SNP筛选,并对测序结果进行拼接,利用多种生物信息学软件对大白猪GABRR2基因启动子区、编码区、3’UTR区进行了一系列的分析。结果显示,大白猪GABRR2基因在c615、c660、c798和c1134共有4个同义突变;RNGTT、SRSF12和ANKRD6 3个基因在GABRR2基因连锁区间内,且编码的蛋白具有相互作用;起始密码子上游2 000 bp区域在385～435号碱基和759～806号碱基区域有2个核心启动子区域,在核心启动子386～395、769～778有Sp1转录因子结合位点,757～766有CREB-2转录因子结合位点,775～784有NF-1转录因子结合位点,在1 593～1 752号碱基区间内有一个Cp G岛;3’UTR区域有14个miRNA结合位点,其中miR-365-3p、miR-497-5p、miR-5195-3p和miR-145-5p评分高于80。研究结果表明,大白猪GABRR2基因CDS区全长1 380 bp,存在4个同义突变,保守性高;编码一个具有4个跨膜结构、1个信号肽的亲水性蛋白,与RNGTT基因功能可能有密切联系;2个核心启动子区域内含有Sp1、CREB-2和NF-1三种共4个转录因子结合位点,且启动子区有一个特征的CpG岛;3’UTR区域存在miR-365-3p、miR-497-5p、miR-5195-3p和miR-145-5p共4个miRNA结合区域。

• 单位
  广西大学