人与自然和谐共生是生态环境保护制度的指导性原则。生态危机的主体性根源是人与自然在主体性方面的矛盾、对立和失衡。实现人与自然和谐共生,需要生态环境保护制度在功能、目标、主体和过程等层面努力构建起主体性的平衡和合一。当前我国生态环境保护制度的主体性结构较为合理,兼顾人与自然两种主体性,且能维持两者的平衡。今后,制度改进和创新的主要方向是在维护平衡基础上努力构建人与自然在主体性方面的合一,将人的主体性进一步纳入尊重自然、顺应自然和保护自然基本前提之下。