龙眼Hsf基因家族密码子使用模式分析

作者：王云; 彭丽云; 苏立遥; 李蓉; 陈裕坤; 林玉玲; 赖钟雄^*

来源：分子植物育种, 2019, 17(17): 5595-5603.

DOI：10.13271/j.mpb.017.005595

• 龙眼(Dimocarpus longan)
• Hsf基因家族
• 密码子偏好性
• 转基因功能

为了解龙眼热激转录因子(heat shock transcription factor, Hsf)基因家族密码子使用偏性特征,本研究利用CodonW程序和EMBOSS在线软件对龙眼Hsf (DlHsf)基因家族密码子偏好性进行数据的提取及分析,运用SPSS、Origin和GraphPad软件对密码子偏好性参数进行统计、分析与图表制作。结果显示:(1) DlHsf基因家族密码子A/T (U)选择偏性较G/C更强,且更偏好以A/T (U)结尾。(2)最优密码子有CUU等12个。(3)密码子组成成分分析、中性绘图分析、ENC-plot分析及PR2-plot分析表明,DlHsf基因家族密码子偏好性主要受到突变压力影响。(4)与模式生物基因组密码子使用偏性使用频率比较显示,酵母菌真核表达系统更适合作为该家族基因异源表达系统,拟南芥、烟草、番茄均可作为该家族遗传转化的受体,但为提高表达效率,可能仍需在实验过程中对家族基因密码子进行改造优化。本研究为DlHsf基因家族密码子优化及转基因功能尤其是在异源表达上的研究提供一定的理论基础。

• 单位
  福建农林大学