南水北调中线工程是一个跨多流域和多省市的特大型调水工程。针对南水北调中线工程经营性与公益性结合的准市场运行机制特点,对工程水价进行了分析、探讨,同时指出了工程进行生态补水的水价问题。最后提出应以更灵活、多样的方式来应对南水北调中线工程水价问题,并在执行过程中不断优化、完善。