重庆口岸首次检出的基孔肯雅病毒全基因组序列特征

作者：文海燕; 骆星丹; 王董; 周岚; 张倩; 周鑫; 倪丹妮; 何传宇; 彭彦卿^*

来源：中国国境卫生检疫杂志, 2023, 46(04): 313-315.

DOI：10.16408/j.1004-9770.2023.04.003

• 基孔肯雅热
• 基孔肯雅病毒
• 系统进化树
• 输入性

目的 了解重庆口岸首例输入性基孔肯雅病毒基因组特征和遗传变异情况，为口岸基孔肯雅热防控工作提供参考。方法 扩增病毒全基因组并测序，使用生物信息学软件对病毒株的全基因组遗传特征进行分析。结果 重庆口岸首例输入性基孔肯雅病毒命名为CHIK1801，序列全长11 672 nt，与参考序列（NC004162）核苷酸同源性为96.6%。结构基因包含3 747个核苷酸，编码1 248个氨基酸，与参考株S27(NC004162)相比有28个氨基酸变异位点。系统进化分析显示，与MN974219.1 (Thailand,2018)、MN974218.1 (Thailand,2018)、MN974211.1(Thailand,2018)、MK040571.1(Thailand,2018)、ON262796.1(Thailand,2019)、MT668625.1(Tianjin,2019)聚类在同一分支，均属东中南非洲遗传谱系（ECSA）印度洋分支。结论 重庆口岸首次检出的基孔肯雅病毒属东中南非洲遗传谱系（ECSA）印度洋分支，共有28个氨基酸位点变异，应加强基孔肯雅热监测。