骨肉瘤潜在关键基因及相关通路的鉴定

作者：张懿明; 毛良浩; 江攀; 倪晨烈; 李建; 尹正宇; 仲新宇; 张兵; 李大鹏^*

来源：中国矫形外科杂志, 2022, 30(07): 644-648.

• 骨肉瘤
• 生物信息学
• 靶向治疗
• 关键基因
• 生物标志物

[目的]基于生物信息学分析骨肉瘤差异表达谱中的关键基因及相关通路。[方法]本研究利用GEO (gene expression omnibus, GEO)数据库中的两个芯片数据集（GSE11414, GSE14359）筛选人骨肉瘤样本与人成骨细胞之间的差异表达基因，并通过基因本体论（Gene Ontology, GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG）富集分析挖掘其潜在的生物学功能。通过STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes, STRING)数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络，并进一步筛选关键基因。最后利用LOGpc (Long-term Outcome and Gene Expression Profiling database of pan-cancers, LOGpc)数据库评估关键基因在骨肉瘤中的预后价值。[结果] GSE11414和GSE14359中共有111个共表达差异表达基因，包括28个上调和83个下调基因，功能富集分析结果显示其主要富集于细胞外基质组织、整合素结合、糖胺聚糖结合、包含胶原的细胞外基质、p53信号通路及TGF-β信号通路。通过蛋白互作网络分析筛选得到10个关键基因。无复发生存分析证实，THBS1和IGFBP3的高表达与骨肉瘤患者的不良预后有关。[结论]本研究通过生物信息学分析构建骨肉瘤差异基因的蛋白互作网络，挖掘与骨肉瘤发病机制密切相关的枢纽基因，可能为骨肉瘤提供新的预后标志物和治疗靶点。

• 单位
  江苏大学附属医院