基于生物信息学方法筛选与胃癌预后及5-氟尿嘧啶疗效相关基因

作者：李昌宇; 林双明; 许东波^*

来源：肿瘤研究与临床, 2022, 34(09): 654-660.

• 胃肿瘤
• 生物信息学
• 基因
• 预后
• 氟尿嘧啶

目的基于生物信息学方法筛选与胃癌预后、5-氟尿嘧啶疗效相关的生物标志物。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载基于GPL570平台的GSE54129、GSE79973、GSE51725胃癌数据集。从GEPIA2在线基因表达谱分析工具下载前500例胃癌患者总生存(OS)相关基因。利用GEO2R工具鉴别胃癌组织与癌旁正常组织之间的差异表达基因, 使用STRING数据库建立蛋白质互作网络(PPI)并鉴定关键基因, 通过OmicShare平台进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。利用Kaplan-Meier Plotter计算关键基因对患者OS的预测价值, 患者样本按基因表达量的最佳临界值分为高表达组和低表达组。结果共筛选出59个差异表达基因, 其中39个上调基因, 20个下调基因。通过PPI分析, 成对同源结构域转录因子2(PITX2)、肝细胞生长因子(HGF)、成纤维细胞生长因子1(FGF1)、转化生长因子β2(TGFB2)、凝血酶反应蛋白1(THBS1)是上调基因PPI中的关键基因。生存分析结果显示, FGF1、HGF、PITX2、TGFB2基因低表达的胃癌患者OS均较好(均P<0.01), THBS1基因低表达的胃癌患者OS较差, 但差异无统计学意义(P>0.05)。采用5-氟尿嘧啶为基础的化疗方案治疗的PITX2基因低表达患者OS较好(P<0.01), THBS1、HGF基因低表达的患者OS较差(P<0.05)。富集分析发现关键基因参与调控TGF-β信号通路、Rap1信号通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、Hippo信号通路、Ras信号通路、黏着斑通路。结论 FGF1、HGF、PITX2、TGFB2基因表达与胃癌预后相关, PITX2、THBS1、HGF表达与5-氟尿嘧啶疗效相关, 可能作为胃癌患者氟尿嘧啶治疗敏感性的预测标志物。

• 单位
  福建医科大学; 龙岩市第一医院