转录组测序分析COPD患者外周血单个核细胞lncRNA表达差异

作者：李全妮; 赵洁; 杨益秀; 孙娟; 周小曼; 柳建芳; 冯琼; 丁毅鹏^*

来源：海南医学院学报, 2020, 26(21): 1652-1665.

DOI：10.13210/j.cnki.jhmu.20200410.010

• COPD
• 转录组测序
• 单个核细胞
• LncRNA

目的:筛选慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)患者外周血单个核细胞中异常表达的lncRNA。方法:收集本院3例COPD病人与3例正常人对照外周血,分离单个核细胞,提取RNA后进行转录组测序,根据P<0.05且|log2FC|>1计算两组样本的表达差异,绘制差异lncRNA热图与火山图。通过Lncpro数据库可能预测差异lncRNA调控的mRNA,并进行GO功能与KEGG信号通路聚类。结果:COPD组和对照组两组间满足P<0.05且|log2FC|>1差异条件的lncRNA共计67个,其中上调33个,下调34个。靶基因主要富集的GO功能:多细胞生物过程的调控功能、发展过程的调控功能、结构体形态发生功能、系统发展功能与发展过程功能。靶基因主要富集的KEGG信号通路:多物种凋亡通路、TGF-β信号通路、补体和凝血级联通路、结肠直肠癌通路与细胞凋亡通路。结论:本研究结果提供了COPD外周血单个核细胞中lncRNA表达变化的一般情况与可能调控功能与通路,可能有助于阐明COPD的潜在机制。

• 单位
  海南医学院; 海南省人民医院; 南华大学