结核分枝杆菌PEPGRS33蛋白的生物信息学分析

作者：陈浩天; 付玉荣; 伊正君^*

来源：中国病原生物学杂志, 2019, 14(07): 780-785.

DOI：10.13350/j.cjpb.190708

• 结核分枝杆菌
• Rv1818c
• PEPGRS33蛋白
• 生物信息学

目的应用生物信息学方法对结核分枝杆菌Rv1818c基因编码蛋白PEPGRS33的结构和功能进行预测分析。方法自GenBank数据库中提取Rv1818c基因相关基因信息;运用ProtParam及ProtScale预测其编码的PEPGRS33蛋白理化性质和亲疏水性;分别运用NetPhos、TMHMM分析PEPGRS33的磷酸化位点、跨膜螺旋;利用SOPMA、SWISS、MODEL分析PEPGRS33蛋白的二级结构并建立三级结构模型;利用Bepired、ABCpred及SYFPEITHI预测PEPGRS33蛋白的B细胞与T细胞表位。结果 Rv1818c基因编码的PEPGRS33蛋白含有498个氨基酸残基,疏水系数0.425,为疏水性蛋白。PEPGRS33含有7个磷酸化位点,不存在跨膜区域,二级结构以无规卷曲为主(占50.20%),结构较松散。利用SWISS-MODEL建构建出PEPGRS33蛋白的三级结构。PEPGRS33蛋白含有27个B细胞抗原表位,数个T细胞优势表位。结论 PEPGRS33蛋白是结核分枝杆菌的重要表面暴露蛋白,与结核分枝杆菌的潜伏感染密切相关。生物信息学预测该蛋白含有多个抗原表位,可作为结核治疗的潜在分子靶标。

• 单位
  潍坊医学院