药品专利期限补偿制度对于延长药品专利权人的专利保护期限、提高药品专利权人的市场预期效益具有明显的推动作用,但该制度将推迟仿制药进入市场的时间,对公民健康权益的保障而言可能产生弊端。我国实施药品专利期限补偿制度是一种必然选择,它既是激励本国药品技术创新的法律手段,也是参与国际药品谈判的重要条件。我国可以通过内部制约要素的完善和外部制约机制的调整,对药品专利期限补偿制度可能产生的弊端予以规避或消除,使该制度在我国充分发挥其应有功能。