基于苋菜转录组的TCP基因家族成员鉴定及表达分析

作者：安子贤; 李宜轩; 郑友峰; 肖昉; 王乐; 陈何; 赖钟雄; 牟建梅; 刘生财^*

来源：福建农业学报, 2022, 37(07): 869-879.

DOI：10.19303/j.issn.1008-0384.2022.007.007

• 苋菜
• TCP转录因子
• 基因家族
• 生物信息学分析
• 表达

【目的】基于大红苋菜转录组数据库，对苋菜TCP基因家族成员进行筛选鉴定，为深入探讨苋菜TCP基因家族对苋菜生长发育及非生物胁迫响应提供参考。【方法】在转录组数据库中，筛选鉴定TCP基因家族成员，并对其进行生物信息学分析；在不同条件处理下培养苋菜幼苗，并利用qRT-PCR技术分析其在不同处理下的表达模式。【结果】苋菜TCP基因家族有14个成员，全部定位于细胞核；AtrTCP蛋白质长度在230～721 aa区间内，预测相对分子量为25.25～78.57 kD，等电点为6.15～9.45，包含15个保守基序；除AtrTCP11为稳定蛋白外，其余均为不稳定蛋白；miRNA预测到两个AtrTCP家族成员AtrTCP2和AtrTCP6为miR319靶基因。qRT-PCR结果显示：在盐溶液不同浓度(0、50、100、200 mmol·L-1)处理下，该基因家族具有不同的表达模式；在蓝光处理下，AtrTCP10基因表达量上调达到了显著水平；AtrTCP2、AtrTCP3、AtrTCP8、AtrTCP9、AtrTCP11和AtrTCP13表达量下调达到了显著水平；在不同铵硝比(0∶0、0∶10、3∶7、5∶5、7∶3、10∶0)处理下，TCP基因家族各成员表达模式不同，其中，AtrTCP3参与整个氮代谢过程；在苋菜各部位进行qRT-PCR分析发现：AtrTCP3、AtrTCP12在叶片中高表达，其余家族成员均在根部的表达量较高。【结论】在不同条件处理下，苋菜TCP基因家族各成员表达模式不同，表明苋菜TCP基因家族各成员可能广泛参与非生物胁迫。

• 单位
  福建农林大学; 苏州市农业科学院