经过两年多的实践,基层检察机关在生态环境资源和食品药品等领域,大量运用刑事附带民事公益诉讼制度,取得了一定的成绩。但随着该制度的深入推进,检察机关在办理案件时,遇到了一些困境。以X市Y区人民检察院为例,分析在办理生态环境资源和食品药品等领域刑事附带民事公益诉讼案件中遇到的困境及原因,并探索有效对策,为今后检察机关该工作的开展提供思路。