基于16S.rRNA高通量测序技术分析生鲜水牛乳在加工前的细菌多样性

作者：谢芳; 谢华德; 李孟伟; 唐振华; 杨承剑^*

来源：中国奶牛, 2021, (09): 52-58.

DOI：10.19305/j.cnki.11-3009/s.2021.09.013

• 16S rRNA高通量测序
• 生鲜水牛乳
• 冷藏
• 细菌多样性

本研究利用16S rRNA高通量测序分析生鲜水牛乳加工前的细菌多样性。分别提取刚挤出30min内,及冷藏5h、12h及24h的水牛乳样本细菌总DNA,PCR扩增其16S rDNA,利用纯化后的扩增片段构建其菌群的16S rDNA文库,采用Miseq PE300进行高通量测序及BLAST比对。结果显示,在属水平,刚挤出30min～冷藏5h组中的优势菌属为金黄杆菌属(39.28%)、巨型球菌属(16.47%)、乳球菌属(9.61%),而在冷藏12～24h组中则以不动杆菌属(34.95%)、芽孢杆菌属(11.2%)、库特氏菌属(9.01%)为优势菌属。葡萄球菌属在刚挤出组中未检出,但随着冷藏时间的延长,其丰度呈上升趋势。可以得出,生鲜水牛乳从刚挤出至冷藏24h内,其微生物群落结构和组成呈动态变化,且此次测序中条件致病菌检出率较高,冷藏12h后样本组中细菌多样性显著高于其他组,由此可知生鲜水牛乳从挤出至加工前,低温贮藏时间越短越好,最好控制在5h内。

• 单位
  中国农业科学院广西水牛研究所; 广西壮族自治区水牛研究所