基于流式细胞术和K-mer分析的荆芥基因组大小评估

作者：姜涛; 刘灵娣; 田伟; 刘铭; 温春秀^*

来源：特产研究, 2023, 45(06): 1-5.

DOI：10.16720/j.cnki.tcyj.2023.215

• 荆芥
• 流式细胞术
• K-mer
• 基因组大小

荆芥是我国常用大宗药材。为了研究荆芥基因组大小，本研究采用流式细胞术和K-mer分析方法对荆芥进行了基因组大小、GC含量、杂合度和重复序列评估。结果显示：基于流式细胞术，荆芥基因组平均大小为0.76 Gb；采用K-mer分析显示，荆芥基因组大小为0.903 Gb,GC含量为38.77%，杂合率约为0.32%，重复序列约为66.93%；荆芥基因组拼接组装后contig总长为792 215 707 bp,contig N50为960 bp,scaffold总长为813 473 842 bp,scaffold N50为1 650 bp。本研究结合流式细胞术和全基因组调查结果，分析评估荆芥基因组大小在0.7～0.9 Gb之间，基因组序列重复比例较高。本研究对荆芥基因组进行了初步的探索，为荆芥的基因组学研究提供了参考依据。

• 单位
  河北省农林科学院