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摘要
为揭示金花茶叶绿体基因组的密码子偏好性和相关指标变化，探讨适合金花茶叶绿体基因组表达的最佳密码子，本研究利用R语言和Codon W、Microsoft等软件，对金花茶叶绿体基因组中52个编码基因(coding sequence, CDS)的密码子使用模式进行了研究。结果表明，在金花茶叶绿体基因组中，同义密码子的使用偏好以A/U结尾，特别是以U结尾；有效密码子数(effective number of codon, ENC)均大于35，属于弱偏好性；密码子第3位的碱基组成同第1位和第2位存在显著差别，密码子第3位核苷酸的组成对密码子使用偏好性的影响较之其他位点更为重要；除自然选择之外，密码子偏好性还受到突变压力和核苷酸组成等因素的影响；共有16个密码子被鉴定为金花茶叶绿体基因组最优密码子。本研究为金花茶叶绿体基因组的遗传修饰和系统发育研究提供参考。
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