维甲酸诱导小鼠神经管畸形胚脑中H2BK120ub1的全基因组状态变化

作者：王珊; 何学佳; 成翕悦; 林烨; 裴培; 占小俊^*

来源：中国儿童保健杂志, 2022, 30(07): 731-736.

DOI：10.11852/zgetbjzz2021-1609

• 维甲酸
• H2BK120ub
• 神经管缺陷
• 染色质免疫共沉淀测序技术

目的 利用染色质免疫共沉淀测序技术(ChIP-seq)分析E10.5 d正常小鼠胚脑组织与维甲酸(RA)诱导神经管缺陷(NTDs)小鼠胚脑组织H2BK120单泛素化(H2BK120ub1)修饰的全基因图谱，以期发现H2BK120ub1修饰与神经管发育通路基因表达的关系，为NTDs的诊断及治疗提供生物学靶点及依据。方法 孕鼠分为随机对照组和RA诱导的NTDs组，利用ChIP-seq技术对获得的H2BK120ub1特异结合DNA片段进行序列鉴定，获取比对Reads,进行全基因组的Peak分析、基因注释(GO)以及功能富集分析peak相关基因的生物学功能。结果 E10.5 d正常小鼠脑组织和RA诱导神经管畸形小鼠脑组织两组间有306个基因有显著的H2BK120ub1差异，根据GO富集的基因个数进行统计：在cellular component中前三位为别为Cell(82个基因), Cell part(82个基因),Organelle part(52个基因);在biological process中前三位为别为celluar process(68个基因),metabolic process(47个基因),biological regulation(40个基因);KEGG通路分析的结果主要富集于刺猬因子(HH)信号通路、TGF-beta信号通路、Wnt信号通路等参与调控神经管发育的关键信号通路，有显著统计学意义(P<0.05)。结论 H2BK120ub1修饰的差异可作为NTDs的一个潜在的诊断及治疗靶点。

• 单位
  北京大学; 河北医科大学第三医院; 首都儿科研究所