胆管癌差异性甲基化基因综合分析及预后相关基因氨基葡萄糖(N-乙酰)转移酶1和神经营养受体酪氨酸激酶3的鉴定

作者：李昌宇; 孙红; 黄扬扬; 何梓鑫; 何文斌; 程章威; 邱福南^*; 王耀东

来源：肿瘤研究与临床, 2022, 34(08): 569-575.

• 胆管肿瘤
• DNA甲基化
• 基因
• 预后

目的鉴定并筛选胆管癌差异性甲基化基因以预测胆管癌患者的预后。方法选择2019年10月至2020年5月福建省立医院8例胆管癌患者胆管癌组织及癌旁组织进行850K甲基化测序分析, 获取差异性甲基化基因。从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载2018年36例患者胆管癌全基因组甲基化数据及临床信息, 从基因表达综合(GEO)数据库下载2012年胆管癌甲基化数据(GSE32879), 从GEPIA2数据库下载2018年TCGA数据库胆管癌总生存(OS)及无病生存(DFS)差异生存基因组数据。联合送检样本850K甲基化测序分析的差异甲基化位点(DMP)和差异甲基化区域(DMR)结果、TCGA和GEO数据库中甲基化基因以及胆管癌生存基因, 在Sangerbox VENN工具中进行多数据集合分析, 交集筛选得出共同差异性甲基化基因。在Sangerbox中运用最小P值法确定基因表达的临界值, 分为差异性甲基化基因高、低表达组, 比较两组胆管癌患者OS、DFS、疾病特异性生存(DSS)、无病间隔(DFI)、无进展间隔(PFI)。进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果 8例患者的胆管癌组织与癌旁组织850K甲基化测序共鉴定出121 954个DMP, DMR中共鉴定出差异性甲基化基因1 399个;交集鉴定得出共同预后相关基因氨基葡萄糖(N-乙酰)转移酶1(GCNT1)和神经营养受体酪氨酸激酶3(NTRK3)。GCNT1在胆管癌组织中表达高于癌旁组织, 差异有统计学意义(P=0.040);NTRK3在胆管癌组织中表达高于癌旁组织, 差异无统计学意义(P=0.790)。采用最小P值法, 以GCNT1及NTRK3联合表达情况预测胆管癌患者预后, 按两基因表达量总和排序, 以排序的30%为临界值时, 胆管癌高表达组及低表达组间DFS差异最为显著(P<0.001);两组间OS差异无统计学意义(P=0.065)。GO功能分析结果显示, GCNT1与蛋白质糖基化、大分子糖基化、糖化、糖蛋白生物合成过程、糖蛋白代谢过程、转移酶活性和转移糖基、蛋白质O-聚糖基化、O-聚糖加工等有关;NTRK3与神经营养素信号通路、Ras信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制、ErbB信号通路、磷脂酶D信号通路、癌症中枢碳代谢、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等有关。KEGG分析结果显示, GCNT1主要与黏蛋白型O-聚糖生物合成、代谢途径等系统功能相关联, NTRK3主要与细胞表面受体通路、细胞内信号转导、刺激反应的正向调节、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路、酶联受体蛋白信号通路、MAPK信号通路级联及调节、蛋白质磷酸化信号转导等系统功能相关联。结论胆管癌差异性甲基化基因GCTNT1、NTRK3表达对胆管癌患者预后有一定预测作用。

• 单位
  福建省立医院; 福建医科大学