海南省三亚市15例新冠病毒Omicron变异株BA.5.1.3亚型的基因组特征分析

作者：林永通; 黄春梅; 黄丽菊; 吴南卫^*; 李冬梅; 莫丽娟; 陈洁; 林瑶; 王建; 董冰冰

来源：病毒学报, 2023, 39(03): 661-670.

DOI：10.13242/j.cnki.bingduxuebao.004308

• 新型冠状病毒
• Omicron BA.5.1.3变异株
• 全基因组测序
• 进化分析

本文选取15例SARS-CoV-2感染病例的鼻咽拭子样本，采用新冠病毒全基因组三代Nanopore测序技术进行全基因组测序并对病毒的变异位点进行分析；结果显示，15株病毒均为BA.5.1.3变异株（Omicron）,NextStrain进化分析为22B。15株毒株共同发现了71个核苷酸突变位点，氨基酸的变异位点有54个，其中存在相同的16个同义突变。15株毒株具有5个特有的核苷酸变异，4个特有的氨基酸变异位点，个别毒株还具有其他突变位点。这是中国境内首次发现Omicron BA.5.1.3变异株，此变异株存在引发本地的流行和暴发风险，需要严密持续的对境外输入病例进行流行病学调查和病毒基因分子特征分析。本研究构建测序方法和分析结果可用于新冠病毒的变异分析和病例溯源，对新冠疫情防控具有重要意义。

• 单位
  三亚市疾病预防控制中心