基于TCGA数据库挖掘肺腺癌预后相关的甲基化位点和基因

作者：王可; 赵荣仙; 杨素莲; 孟瑜; 魏晟

来源：南京医科大学学报(自然科学版), 2016, 36(06): 665-669.

• 肺腺癌
• TCGA
• 甲基化
• m RNA
• 预后

目的 :通过对TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库的数据挖掘,扫描全基因组范围内的肺腺癌预后相关的甲基化位点。方法:采用2016年4月从TCGA网站下载的肺腺癌预后数据及基于Illumina Methylation 450芯片的全基因组甲基化数据,经过数据连接,纳入同时有临床预后信息和甲基化数据的肺腺癌患者232例。采用Cox比例风险模型分析各位点甲基化水平对肺腺癌总生存率的影响,并评估其与对应基因m RNA表达的相关性,进一步评估m RNA表达对肺腺癌预后的影响。结果:纳入的232例肺腺癌患者的平均年龄为(64.823±9.300)岁,平均生存时间为(20.217±17.067)个月。本研究发现肺腺癌预后相关最显著的甲基化位点为位于基因EHBP1区域的cg03955927(P=1.98×10-7),对应的HR值及95%可信区间为0.605(0.5010.731)。筛选的肺腺癌预后关联性最强的前20个甲基化位点中,17个位点的高甲基化水平为肺腺癌预后的保护因素,其他3个为危险因素。5个甲基化位点的甲基化水平与对应基因的m RNA表达相关,其中cg12013757对应的KRI1基因的m RNA表达与肺腺癌的预后有关(HR:1.316,95%CI:1.1091.561,P=0.001 6)。结论 :本研究通过对TCGA数据库的挖掘,初步发现KRI1基因的甲基化位点的甲基化水平对肺腺癌的预后有影响,可以作为为肺癌预后的生物标志物进一步研究。

• 单位
  公共卫生学院; 华中科技大学同济医学院