长沙市诺如病毒暴发疫情中GII.2[P16]型全基因组分子进化特征分析

作者：黄政; **忠; 欧新华; 李灵之; 肖姗; 姚栋

来源：中国热带医学, 2022, 1-10.

• 诺如病毒
• GII.2[P16]型
• 全基因组序列
• 系统发育分析

目的 对长沙市2020年急性胃肠炎暴发疫情中诺如病毒GII.2[P16]型进行全基因组序列测定以及遗传进化特征分析。方法 采集2020年诺如病毒暴发疫情标本，采用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）方法扩增开放阅读框（ORF）1和ORF2连接区进行分型鉴定。GII.2[P16]型阳性标本在二代测序Miseq平台进行测序。测序结果进行序列比对及进化分析。结果 2020年本市共发生诺如病毒暴发疫情29起，共采集标本277份，阳性检出率为44.04%（122/277）。分型鉴定发现诺如病毒GII.2[P16]型占比45.08%（55/122）。从疫情分布月份和机构来看，9-12月为暴发高峰，疫情发生在幼儿园和学校占比89.66%（26/29）。对53份GII.2[P16]型ORF1和ORF2连接区序列进行进化树分析发现毒株处于多个分支，序列之间的同源性为98.5%-100%。对4株GII.2[P16]型全基因组序列进行同源性比较发现毒株之间的同源性为98.5%-99.5%，与GII.2[P16]2016-2017（KY771081）毒株同源性为97.9%-98.2%，进化树处于不同亚分支。RdRp区域氨基酸位点发生T396A和T464A突变，HBGA结合位点保守未发生突变。结论长沙地区诺如病毒暴发疫情中以GII.2[P16]型突变株传播为主，毒株由GII.2[P16]2016-2017持续传播进化而来，并进化为另一个分支。本地区暴发的诺如病毒疫情主要发生在学校以及幼托机构，应持续加强对诺如病毒的监测。

• 单位
  长沙市疾病预防控制中心