‘苟当3号’水稻叶绿体基因组特征分析

作者：吴朝昕; 徐海峰; 刘雪薇; 李祖军; 朱速松

来源：分子植物育种, 2022, 1-29.

• 水稻
• 苟当3号
• 叶绿体基因
• 系统发育分析

为了探明‘苟当3号’水稻叶绿体基因组特征及系统发育关系。本研究以‘苟当3号’水稻DNA为材料，使用NovaSeq测序平台进行高通量测序，并进行组装、注释、图谱构建、密码子偏好分析、SSR位点分析及系统发育树分析。结果表明：(1)‘苟当3号’水稻叶绿体基因组总长134 551 bp，由一个大单拷贝区(80 604 bp)，一个小单拷贝区(12 343 bp)，以及两个反向互补区(20 802 bp)组成。(2)在‘苟当3号’水稻叶绿体基因组中共检测到136个基因，其中90个蛋白编码基因、38个tRNA基因和8个rRNA基因。在检测出是136个基因里有21个基因含有内含子，内含子长度最长的是trnK-UUU，为2 488 bp，内含子长度最短的是rpl16，为125 bp。(3)‘苟当3号’水稻叶绿体基因组中密码子使用频率最高是亮氨酸，最低是半胱氨酸，且密码子偏好A/T碱基结尾。(4)在该研究中共检测到17个长重复序列和128个简单重复序列，有81.25%的简单重复序列是由A/T组成，表明大多数简单重序列位点具有A/T碱基偏好性。(5)‘苟当3号’与其他21个稻属物种叶绿体基因组的系统发育分析结果表明，‘苟当3号’与粳稻的亲缘关系更近，其次籼稻与粳稻在进化树中处于不同的分支。该研究获得了‘苟当3号’的叶绿体基因组特征信息，为‘苟当3号’的系统进化和遗传育种研究提供理论依据。

• 单位
  贵州省农业科学院水稻研究所