乳油木叶绿体基因组密码子偏好性分析

作者：原晓龙; 李云琴; 张劲峰; 王毅^*

来源：分子植物育种, 2020, 18(17): 5658-5664.

DOI：10.13271/j.mpb.018.005658

• 乳油木(Vitellaria paradoxa)
• 叶绿体基因组
• 密码子偏好性
• 突变

为了解乳油木叶绿体基因组密码子的使用模式,该研究以从乳油木叶绿体基因组中筛选得到53条长度大于300 bp且非重复的CDS (Coding DNA sequence)序列为材料,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP分析其密码子偏好性。结果显示,密码子第3位GC含量为27.47%,ENC范围在36.31～56.88,平均值为42.98。RSCU值大于1的密码子有28个,其中27个以A或U为结尾。中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot分析的结果显示乳油木叶绿体基因密码子偏好性主要受突变的影响。最优密码子为GGA、GAU、CAU和UUG。本研究结果为提高异源基因表达水平、改良乳油木重要经济性状等提供参考依据。

• 单位
  云南省林业科学院