p73基因不同启动子区的结合元件和甲基化谱的差异比较

作者：唐林; 聂伟伟; 韦凤; 王丽; 陈龙邦; 管晓翔

来源：癌症进展, 2012, (03): 280-284.

• p73启动子区
• DNA甲基化
• 转录因子结合位点
• 生物信息学分析 p73 promoter regions DNA methylation transcription factor binding sites bioinformatics analysis

目的 p73基因含有两种不同的启动子结构,转录生成一些具有不同甚至相反的功能特性的异构体。利用生物信息学相关软件比较这两种p73基因启动子区的CpG岛以及潜在的转录因子结合位点的差异。方法利用GenBank获取人p73启动子序列,在线MethPrimer软件分析p73启动子序列中甲基化CpG岛;启动子在线分析软件Promoter2.0,Neural Network Promoter Prediction,Promoter SCAN,TFSEACH分析p73基因启动子区序列中潜在的转录因子结合位点。结果 p73基因有两个启动子结构。promoter1序列中含5个CpG岛,promoter2序列中含1个CpG岛。启动子相关软件分析评分在95分以上时,promoter1序列有11个潜在的转录因子结合位点。promoter2序列有9个潜在的转录因子结合位点。结论 p73基因启动子的甲基化区域以及潜在的转录因子结合位点的差异可能是导致转录产物的功能差异的重要因素。

• 单位
  南京大学; 中国人民解放军东部战区总医院