月季R2R3-MYB转录因子全基因组鉴定与分析

作者：李谋亮; 张晓妮; 林胜男; 吴全淑; 包满珠; 傅小鹏^*

来源：分子植物育种, 2021, 19(21): 7018-7029.

DOI：10.13271/j.mpb.019.007018

• 月季
• R2R3-MYB家族
• 生物信息学
• 表达模式

月季是世界著名的观赏植物,具有极高的观赏价值和经济价值。本研究基于月季基因组利用生物信息学对月季R2R3-MYB基因家族进行全面鉴定,并对这些基因的结构、保守域和组织特异表达进行研究,解析月季R2R3-MYB转录因子在月季发育过程中的生物学功能。根据已报道的拟南芥R2R3-MYB基因,利用本地BLAST以及Hmmer工具鉴定月季基因组(Rosa chinensis‘Old blush’)中的R2R3-MYB基因,共鉴定出120个月季R2R3-MYB家族基因。系统进化树分析表明,月季R2R3-MYB家族基因可被分为34个亚组;其家族成员氨基酸序列N端均含有2个不等重复结构域R2和R3;基因结构分析显示,月季R2R3-MYB家族基因含有1～11个外显子;染色体定位发现120个基因分别定位在月季的7条染色体上,并发生8次串联重复事件;通过对基因组相关性分析共发现16对重复基因的R2R3-MYB基因簇。基因表达模式分析表明,120个基因在月季发育中均有表达,根据表达聚类分析可分为6个亚组,每个亚组之间存在表达差异。

• 单位
  华中农业大学; 园艺林学学院; 园艺植物生物学教育部重点实验室