新型冠状病毒核衣壳蛋白生物信息学分析

作者：王玉宁; 解翠华; 王胜男; 范莹莹; 江亚娟; 尹强; 焦伯延^*

来源：智慧健康, 2021, 7(34): 184-187.

DOI：10.19335/j.cnki.2096-1219.2021.34.059

• 新型冠状病毒
• 核衣壳蛋白
• 生物信息学
• 基因组

目的 探讨新型冠状病毒核衣壳蛋白(N蛋白)的生物学特征,为新型冠状病毒肺炎的防控提供依据。方法 在NCBI数据库获取N蛋白序列,利用ExPASy分析N蛋白的理化性质和亲疏水性;利用DisPhos分析N蛋白磷酸化位点;利用TMHMM、SignalP和cNLS分析N蛋白的跨膜结构、信号肽和核定位信号;利用SOPMA和Phyre2分别构建N蛋白的二级结构和三级结构;利用NetMHCIIpan、NetCTL和ABCpred分析辅助性T细胞、杀伤性T细胞、B细胞抗原识别位点;利用PredictProtein分析N蛋白的二硫键、亚细胞定位和RNA结合位点。结果 N蛋白由419个氨基酸组成。N蛋白分子式为C1971H3137N607O627S7,等电点为10.07,无跨膜结构无信号肽,含有13个磷酸化位点,含2个核定位信号,主要分布于细胞核。二级结构以无规卷曲和α螺旋为主,并获得三级结构模型。N蛋白含有多个辅助性T细胞、细胞毒性T淋巴细胞和B淋巴细胞抗原识别表位,含有多个DNA和RNA结合位点,35-98和255-277位氨基酸区域可能与新型冠状病毒基因组RNA结合。结论 利用生物信息学对N蛋白的理化性质、结构、抗原表位、结合位点进行了预测,为更深刻的了解新型冠状病毒的特征提供线索。

• 单位
  济宁市疾病预防控制中心