医药院校附属医院肩负着教学、医疗、科研三重任务,其新建医院必须以发展科教为本,加强学科建设,提高医疗、教学质量,提高医院管理水平。文章以安徽医科大学附属第二医院科研激励机制建设实践为例,从框架体系建设、评估指标确立、管理意识转型、机制落实情况等几方面阐述其机制建设情况,展示其激励实效,以期为医药院校新建医院及其它致力高水平建院的新建医院推动科研工作提供借鉴。