针对现行《事业单位财务规则》存在的制度理论基础滞后、预算管理规定不足、内部控制和管理会计规定缺失等不足,建议理顺《事业单位财务规则》与政府会计制度的关系、完善财务报告和财务分析、明确政府会计准则体系的相关问题、对标《预算法》优化预算管理、引入内部控制及风险防范机制、引入管理会计报告体系。