COPD相关差异表达基因筛选、生物学功能分析及其编码蛋白互作网络分析

作者：刘兆宇; 胡腊; 曾子成; 林海; 李明; 易高^*; 姚文霞^*

来源：山东医药, 2019, 59(30): 13-16.

• 慢性阻塞性肺病
• 生物信息学
• 差异表达基因
• 蛋白互作网络

目的分析慢性阻塞性肺病(COPD)患者肺组织中差异表达基因及其编码蛋白的互作关系,筛选出COPD相关的关键基因。方法从NCBI公共数据平台GEO数据库下载COPD表达谱数据集GSE57148,采用R软件及其扩展包对表达谱数据进行处理和分析,获得差异表达基因,并通过STRING、Cytoscape等对差异表达基因进行生物学功能分析及编码蛋白互作分析。结果一共获得117个基因为差异表达基因,其中发生上调的基因有63个,发生下调的基因有54个;信号通路分析发现这些基因主要富集于细胞外基质形成、胶原纤维化形成和氧化激活通路等。蛋白网络互作分析发现VWF、FGG、IGF1、F5、RPS15、RPS12、SEC61B、THBS1、F13A1为差异表达基因中的Hub基因。结论 COPD肺组织中共有117个基因差异性表达,上调表达基因63个,下调基因54个;这些差异性表达基因主要参与细胞外基质改变、纤维化和氧化还原活性等信号通路;VWF、FGG、IGF1、F5、RPS15、RPS12、SEC61B、THBS1和F13A1为Hub基因,可能在COPD的疾病进程中发挥了关键作用。

• 单位
  广州医科大学附属第五医院