ARID2基因敲除对肝癌细胞系Hep3B增殖及基因表达的影响

作者：周彦池; 赵宏^*

来源：解放军医学杂志, 2019, 44(06): 451-458.

• 肝肿瘤
• 基因,ARID2
• 细胞系,Hep3B
• CRISPR/Cas9技术
• 生物信息学分析

目的探讨ARID2敲除对细胞增殖的影响,以及敲除细胞与野生型Hep3B细胞间基因表达的差异。方法构建ARID2敲除的lentiCRISPRv2质粒,转染Hep3B细胞,嘌呤霉素筛选后通过流式细胞仪分选单细胞,并培养获得单克隆细胞株;通过Western blotting和Sanger测序鉴定ARID2敲除细胞株;通过CCK-8实验检测ARID2敲除对Hep3B细胞增殖的影响;通过RNA-seq分析差异表达基因,并通过实时定量PCR(RT-qPCR)技术进行验证。通过京都基因与基因组百科全书数据库通路注释(KEGG Pathway)、基因本体生物学过程(GO Biological Processes)富集分析以及基因集富集分析(GSEA) ARID2可能参与的生物学功能。结果成功构建两株ARID2敲除的Hep3B人肝癌细胞系。与野生型Hep3B细胞相比,ARID2敲除细胞增殖明显加快(P<0.05)。RNA-seq分析共检测到85个差异表达基因,其中17个基因上调,68个基因下调。通过RT-qPCR对其中10个差异表达基因进行验证,验证结果与RNA-seq结果一致。KEGGPathway,GO BiologicalProcesses富集分析以及GSEA结果表明,ARID2基因与蛋白质的加工及转运、趋化因子信号通路、Wnt信号通路、补体与凝血级联反应、上皮间质转化(EMT)、糖酵解、TGF-β信号通路、TNF-α/NF-κB信号通路等生物学过程相关。结论 ARID2敲除可以促进Hep3B细胞系的增殖;ARID2可能通过多种生物学过程,对肿瘤细胞增殖、侵袭、迁移,以及肿瘤微环境产生影响。

• 单位
  中国医学科学院北京协和医学院