万历官修国史失败的根本原因是万历君臣就修史问题产生了严重分歧,最终导致万历皇帝的消极抵制,修史活动半途而废。史臣们希望官修正史可以为建文帝、景泰帝、兴献帝正名,传信于后世,万历皇帝则希望官修正史可以表彰祖宗的功业,宣扬明朝皇权的正义性和合法性,两者之间存在着难以调和的矛盾。万历官修正史活动虽然失败了,但对明清史学产生了重要的影响,《明史》相关本纪的设立基本上与万历史臣的立场保持了一致。