西瓜抗枯萎病相关EST-SSR的信息分析

作者：冯建明; 郭绍贵; 吕桂云; 陈年来; 张海英; 宫国义; 许勇

来源：华北农学报, 2009, 24(03): 87-91.

• 西瓜
• 枯萎病
• EST
• SSR

对西瓜枯萎病菌生理小种1诱导的抑制差减杂交cDNA文库测序获得的4 000条EST进行分析,经过前处理后拼接得到1 487条unigene序列,全长为759 kb。在其中978条unigene序列中共检索出2 136个EST-SSR,出现频率为53.4%。EST-SSR的平均分布距离和平均长度分别是1/0.36 kb、19.59 bp。EST-SSRs中的重复单元以二核苷酸和三核苷酸重复为主,二者在总EST-SSRs中的出现频率为98.08%。GA/TC和GAA/TTC是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的25.78%和12.97%。西瓜抗枯萎病相关EST资源的SSR信息分析为进一步建立西瓜EST-SSR标记和探索其在西瓜基因组学研究中的应用奠定了基础。

• 单位
  北京市农林科学院蔬菜研究中心; 甘肃农业大学; 河北农业大学