基于生物信息学的十二指肠腺瘤核心致病基因及其靶向治疗中药活性成分筛选

作者：冯瑶; 陈新怡; 宋厚盼^*; 刘涛; 杨焘; 刘恒铭; 仇婧玥; 曾梅艳

来源：江苏大学学报(医学版), 2021, 31(02): 158-165.

DOI：10.13312/j.issn.1671-7783.y200203

• 十二指肠腺瘤
• 差异表达基因
• 生物信息学
• 核心致病基因
• 靶向药物

目的:利用生物信息学方法对十二指肠腺瘤(duodenal adenoma,DA)的核心致病基因进行筛选和分析,挖掘潜在的可用于靶向治疗DA的中药活性成分。方法:从GEO数据库下载DA数据集(Accession No.GSE102208),运用GEO2R筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),应用DAVID数据库对DEGs进行GO及KEGG富集分析,采用STRING数据库对DEGs进行蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI)分析,利用Cytoscape获取DA核心致病基因,通过CTD数据库挖掘靶向作用于核心致病基因的中药活性成分。结果:筛选获得DA患者与健康者十二指肠组织显著性DEGs共373个,其中270个上调,103个下调。主要涉及胆固醇稳态、胆固醇流出、脂蛋白合成、三酰甘油稳态等生物学过程,富集于PI3k-Akt、PPAR、碳水化合物消化吸收、蛋白质消化吸收、脂肪消化吸收、胆汁分泌等信号通路。筛选出载脂蛋白B(ApoB)、表皮细胞生长因子(EGF)、载脂蛋白A1(ApoA1)、葡萄糖转运蛋白2(SLC2A2)、麦芽糖酶糖化酶(MGAM)等10个关键基因;进一步分析获得可能用于治疗DA的潜在靶向中药活性成分,包括白藜芦醇、槲皮素、人参皂苷、姜黄素、雷公藤甲素等。结论:基于公共数据库可以筛选与DA发生发展密切相关的基因靶点,并挖掘到潜在的可用于DA靶向治疗的中药活性成分。

• 单位
  湖南中医药大学