基于全长转录组测序的水杉SSR序列分析

作者：张咏祀; 刘小红^*

来源：分子植物育种, 2019, 17(23): 7817-7821.

DOI：10.13271/j.mpb.017.007817

• 水杉(Metasequoia glyptostroboides)
• 全长转录组
• 序列分析
• SSR

水杉是中国著名的一级保护植物,为了充分开发和利用这一重要种质资源,本研究在水杉全长转录组测序的基础上,对水杉SSR (Simple sequence repeat)序列进行了详细序列分析。共发现SSR序列16 227个,其中以单核苷酸为重复单位的最多,达到10 290个,长度介于10～50 nt的为绝大部分,达到总数的96.1%,其余为51～315 nt,仅占3.9%。以二、三、四、五和六核苷酸为重复单位的SSR序列分别有1 156、1 789、25、11、54个,长度范围分别于介于12～58 nt、15～60 nt、20～44 nt、25～30 nt和30～36 nt。此外,还发现有2 902个复杂SSR序列,长度介于21～4 760 nt。该结果为水杉SSR分子标记开发和水杉基因资源的保护利用提供了分子依据。

• 单位
  西华师范大学; 生命科学学院