结合叶尔羌河卡群站和克孜河卡拉贝利站2010-2019年氨氮和高锰酸钾指数数据对其水质进行评价并对其污染源进行分析。两河汛期水质浓度均要低于非汛期浓度,这主要是因为汛期两河来水量较大,使得水质浓度有所减小。其中非汛期叶尔羌河卡群站水质浓度要高于克孜河卡拉贝利站浓度。经评价两站水质总体可以达到II类等级,但氨氮和高锰酸钾指数浓度逐年呈现递增变化,流域农业面源污染是其浓度变化的主因。