雷蒙德氏棉扩展蛋白基因家族的鉴定和特征分析

作者：雷忠萍; 贺道华; 海江波; 邢宏宜; 赵俊兴; 程雪妮

来源：华北农学报, 2016, (06): 44-55.

• 雷蒙德氏棉
• 扩展蛋白
• 基因结构
• 系统发育分析
• 进化分析
• 表达模式 Gossypium raimondii
• Expansin
• Gene structure
• Phylogenic analysis
• Biological evolution
• Expression pattern

扩展蛋白具有松驰细胞壁和增加细胞壁柔韧性的功能。为了弄清该基因家族在雷蒙德氏棉中的特征,利用隐马尔科夫模型(HMM)在雷蒙德氏棉基因组中进行扩展蛋白家族基因成员的鉴定,获得了39个扩展蛋白基因家族成员,分布在12条染色体上。系统发育分析将其归入EXPA、EXPB、EXLA和EXLB共4个亚家族,分别含有26,4,3,6个基因。各亚家族中扩展蛋白基因具有相对多样化的基因结构;扩展蛋白基因家族在进化中经历了3次扩张;染色体片段重复是该基因家族扩张的主要方式;扩张后纯化选择占主导地位。比较棉纤维发育不同时期及叶片、花瓣的深度测序和基因芯片表达谱,发现大部分扩展蛋白基因参与了雷蒙德氏棉纤维、叶片和花瓣...

• 单位
  西北农林科技大学