以水稻杂交组合珍汕97B×明恢63所衍生的永久F2(IF2)作图群体为遗传材料,采用QTLNetwork-2.0定位软件对有效穗数进行了QTL分析,共检测到8个QTL,分布于6条染色体上.同时根据有效穗数的QTL遗传效应,估算了F1、F2和F3三个杂种世代的有效穗数杂种优势,在预测普通杂种优势的同时,也对环境互作杂种优势进行了预测.上位性QTL对有效穗数杂种优势的形成有重要的贡献.表明基于QTL定位结果的杂种优势预测方法有助于分子标记辅助选育强优势组合.