头颈部鳞状细胞癌相关基因的生物信息学分析

作者：向琳; 宫美恒; 王苹; 尹万忠; 杜波

来源：中国实验诊断学, 2017, 21(03): 381-385.

• 头颈部鳞状细胞癌
• 差异表达基因
• 基因芯片
• 生物信息学

目的从基因和分子水平探讨头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)的发生机制。方法从GEO数据库下载人HNSCC相关基因芯片数据,使用BRB-Array Tools软件筛选差异表达基因,采用DAVID、ToppGene、STRING、Cytoscape工具进行生物信息学分析。结果 BRB分析共筛选出263条差异表达基因,其中上调基因134个,下调基因共129个,对其进行生物信息学分析发现COL1A1、MMP9、COL1A2、COL3A1、MMP1等基因调节HNSCC细胞外基质受体相互作用、小细胞肺癌、肿瘤通路等,影响肿瘤的发生发展。结论利用生物信息学分析能有效挖掘基因芯片内在数据,为进一步探讨HNSCC的发生机制提供理论参考。

• 单位
  吉林大学第一医院