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摘要
本研究旨在分析不同DNA提取方法对半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）肠道菌群结构分析结果的影响，并了解健康半滑舌鳎肠道菌群结构特征。通过溶菌酶结合超声波裂解法（CLU）、Zirmil-beating细胞破碎方法（ZBC）和QIA商业试剂盒三种方法提取半滑舌鳎肠道菌群基因组DNA，采用Illumina MiSeq高通量测序分析三种方法提取的样品DNA，比较其菌群结构特征和多样性。结果显示，三种方法提取的样品经检测共得到7 516个OTU，而且鉴定的优势菌门一致，主要包括变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、螺旋菌门（Spirochaetae）、拟杆菌门（Bacteroidetes）。通过Alpha多样性指数分析，CLU、ZBC、QIA方法对应的Chao1指数分别为5 668、5 868、4 090;Simpson指数分别为0.021、0.022、0.018,QIA方法的Chao1和Simpson指数均低于其他两种方法。基于UniFrac距离矩阵进行Beta多样性分析显示CLU和QIA方法提取的样品之间的微生物群落结构和物种丰富度更相似。本研究表明不同方法提取的DNA经高通量测序分析鉴定到的主要优势菌群类别一致，但对一些丰度较低的菌群类别鉴定时存在偏差。
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