5株内阿米巴14-3-3蛋白序列比较及生物信息学分析

作者：林育涛; 付永峰; 程训佳; Hiroshi Tachibana

来源：中国病原生物学杂志, 2008, (05): 366-369.

DOI：10.13350/j.cjpb.2008.05.012

• 溶组织内阿米巴
• 14-3-3蛋白
• 生物信息学

目的比较具有不同致病性以及毒力的5株内阿米巴的14-3-3蛋白序列,并选取溶组织内阿米巴HM1∶IMSS株进行相关生物信息学预测,用以指导进一步实验研究。方法收集各虫株滋养体的基因组DNA,根据Gen-Bank收录的溶组织内阿米巴编码基因序列设计特异引物,以基因组DNA为模板扩增目的基因片段,测序后利用生物信息学网站的各种在线分析工具和Genetyx软件ver 13.0,对所得序列进行比较,构建分子进化树,并对溶组织内阿米巴HM1∶IMSS株的14-3-3蛋白进行相关的生物信息学分析。结果5株内阿米巴属虫株均含有3个14-3-3基因,编码的氨基酸序列同源性较高,个别位点存在差异。取溶组织内阿米巴HM1∶IMSS株14-3-3-1序列与其他物种的同源蛋白比较并构建分子进化树,与种系进化过程非常吻合。根据生物信息学分析结果预测,溶组织内阿米巴HM1∶IMSS株14-3-3-1含720个碱基,编码239个氨基酸;14-3-3-2含717个碱基,编码238个氨基酸;14-3-3-3含723个碱基,编码240个氨基酸。3种异构体都带有2个14-3-3蛋白家族标记,含有多个潜在的磷酸化位点,但不含线粒体、过氧化物酶体等细胞器定位序列以及信号肽。该蛋白在大肠埃希菌中表达的半衰期>10 h。结论内阿米巴属14-3-3基因高度保守。生物信息学分析结果提示14-3-3蛋白是研究物种进化的理想分子。

• 单位
  复旦大学