牛布鲁氏杆菌2308和羊布鲁氏杆菌16M全基因组种属特异性序列的筛选与鉴定

作者：胡明月; 高汛; 刘正喜; 史露露; 闫守庆; 张英^*

来源：黑龙江畜牧兽医, 2020, (22): 62-66.

DOI：10.13881/j.cnki.hljxmsy.2019.12.0397

• 牛布鲁氏杆菌2308
• 羊布鲁氏杆菌16M
• 比较基因组学
• 获得与缺失多态性
• 单核苷酸多态性
• 插入缺失长度多态性

为了探讨不同种属布鲁氏杆菌宿主特异性的分子遗传基础以及获得分子生物学种属鉴别的靶位点,试验采用相关生物信息学软件对GenBank中牛布鲁氏杆菌2308(B.abortus 2308)和羊布鲁氏杆菌16M(B.melitensis 16M)进行了全基因组范围内的单核苷酸多态性(SNPs)、插入缺失长度多态性(InDels)以及获得与缺失多态性(PAVs)分析。结果表明:B.abortus 2308和B.melitensis 16M之间存在SNPs 6 271个,InDels 2 799个;B.abortus 2308和B.melitensis 16M之间含有32个PAVs片段(大于100 bp),长度共计约57.5 kb。随机选取5个PAVs片段进行PCR扩增和测序,核酸序列结果与生物信息学分析结果一致,扩增长度与生物信息学分析结果之间的差异与PAVs片段两端存在的正向重复序列有关。说明本试验获得了B.abortus 2308和B.melitensis 16M全基因组范围内的SNPs、InDels以及PAVs,以利于下一步解析牛和羊布鲁氏杆菌种属生物学差异的遗传基础以及建立种属鉴别方法。

• 单位
  吉林大学; 动物科学学院