水稻OsPUPs基因家族的生物信息学分析

作者:余桂媛; 梅文韬; 陈文娟; 王英锋; 刘泽赟; 唐文帮; 肖云华
来源:分子植物育种, 2022, 1-11.

摘要

为系统解析水稻(Oryza sativa)嘌呤通透酶(purine permease, PUP)基因家族的功能特性,通过生物信息学方法分析了水稻PUP基因家族的基本理化性质、二级结构、三级结构、保守结构域、启动子元件及其表达模式。结果表明:水稻中有12个OsPUPs基因家族成员,且不均等的分布在6条染色体上,均含有典型的PUNUT superfamily保守结构域;二级结构主要由α-螺旋、无规则卷曲和延伸链组成,且均无β-折叠结构;三级结构有明显的折叠层次,均为紧密的球状或椭球状实体;顺式作用元件分析表明,水稻PUP基因家族启动子区域富含多个与生长素(indole-3-acetic acid, IAA)、细胞分裂素(transzeatin, tZ)等植物激素相关的响应元件以及与厌氧、低温等逆境相关的响应元件;表达模式分析表明水稻PUP基因家族在不同激素处理下的表达量存在一定的差异性,并且在根和芽中的表达量也有所不同。