基于高通量测序的青石斑鱼基因组微卫星开发及评价

作者：高峰涛; 邵长伟; 崔忠凯; 王升鹏; 魏敏; 陈松林; 杨官品

来源：中国海洋大学学报(自然科学版), 2017, 47(04): 52-57.

DOI：10.16441/j.cnki.hdxb.20160185

• 青石斑鱼
• 高通量测序
• 微卫星标记
• 多态性
• 群体遗传评价

本研究采用基因组高通量随机测序的方法对青石斑鱼(Epinephelus awoara)微卫星标记进行了发掘,结果共获得青石斑鱼(Epinephelus awoara)基因组原始数据2.860G。采用MISA(MIcroSAtellite)软件进行微卫星位点搜索,获得967 657条微卫星序列。随机选取了96条微卫星序列设计引物并利用8尾青石斑鱼个体进行多态性位点筛选,共获得60个具有多态的微卫星标记。利用其中16个微卫星标记对一个青石斑鱼亲鱼群体的种群遗传学特征进行评价,共检测到129个等位基因,单个标记的表观等位基因数(NA)分布范围为214,平均为7.167;表观杂合度(HO)分布范围为0.4221.000,平均为0.678 6;期望杂合度(HE)分布范围为0.4810.893,平均为0.676 8。有5个标记的等位基因频率不符合"哈迪-温伯格平衡",其中EAW-55596、EAW-21755、EAW-30334 3个标记表现为杂合子显著缺失(P<0.05),而EAW-33674和EAW-52520 2个标记表现为杂合子显著过剩(P<0.05)。连锁不平衡检测表明各位点间无连锁不平衡现象。多态信息含量(PIC)分布范围为0.362 30.872 2,平均PIC=0.639 7>0.5,说明该亲鱼群体的遗传多样性比较高。而这些微卫星标记将对于青石斑鱼的遗传变异分析、亲缘关系鉴定提供了技术支持,这也将为青石斑鱼的分子遗传育种奠定了基础。

• 单位
  中国海洋大学; 生命学院; 中国水产科学院黄海水产研究所; 农业部