本发明提供了一种能够快速检测自身完整性的聚合物囊泡及其应用。首先分开制备负载荧光供体和荧光受体的聚合物囊泡,再将其混合后,进行冻干保存和复溶,并检测复溶后溶液中的由于荧光能量共振转移(FRET)产生的荧光强度。通过结合FRET荧光分析和酶标仪等高通量荧光分析设备,能够高通量快速检测聚合物囊泡的完整性,无需使用粒径测试、电镜等相对复杂的实验手段,从而实现高通量、便捷地对药物、疫苗配方和冻干复溶工艺进行筛选,大大提升优化的效率。