基于生信分析Hp相关性胃炎核心基因及其靶向中药筛选

作者：王杰; 柳亚杰; 刘丽然; 杜朋丽; 杨倩^*; 郭子敬^*

来源：时珍国医国药, 2022, 33(06): 1524-1527.

• Hp相关性胃炎
• 差异表达基因
• 靶向中药

目的 基于生物信息学方法初步分析Hp相关性胃炎和非Hp相关性胃炎胃组织的差异表达基因并探索发病机制，进而预测潜在靶向治疗Hp相关性胃炎的中药。方法 从GEO数据库中选取数据集GSE5081,借用R语言分析得出差异表达基因(DEGs),应用DAVID数据库对DEGs进行GO功能注释及KEGG信号通路富集分析，采用STRING数据库构建DEGs蛋白质相互作用网络(PPI),利用Cytoscape获取核心基因，最后通过Coremine Medical挖掘靶向作用于核心基因的中药。结果 该研究共获得DEGs 85个，其中56个上调基因，29个下调基因。DEGs主要涉及免疫反应、趋化因子介导的信号通路、中性粒细胞趋化性的正向调节、炎症反应、对脂多糖的反应等生物学过程；主要富集在趋化因子信号通路和细胞因子-细胞因子受体相互作用信号通路上。蛋白互作网络及Cytoscape筛选出CXCL1、CXCL3、CXCL5、CXCL13、CCL19、CCL20、CCL25、CCR7、PNOC、GPR18、GPR183、CXCR2等12个核心基因。进一步分析获得可能用于治疗Hp相关性胃炎潜在中药，归纳为清热解毒类：黄芩、黄连、生地、茵陈、大青叶等；活血化瘀类：川芎、没药等；理气类：木香、檀香等药物。结论 该研究利用生物信息学筛选出Hp相关性胃炎DEGs并预测潜在治疗中药，探讨Hp相关性胃炎发生发展中潜在机制，为临床和科研提供依据。

• 单位
  河北中医学院