和田玉龙喀什河上游砂金的含矿层为第四系更新统上部冲积砾石层、砂砾石层。含矿层一般分布于主流水系上游支沟内的Ⅱ、Ⅲ级阶地上,砂金主要富集在基岩层上面的砾石层底部。从现有砂金矿点的地质资料初步分析认为,砂金来源于再依勒克及苏巴什以北的柳什塔格主脊上。根据砂金颗粒粗大、具有压扁磨损的特征,以及含矿层位稳定且矿点全部位于水系源头地附近的特点,可以认为区内砂金的形成具有再次搬运的地质背景。推测其砂金源可能是冰川作用形成的砂金矿体随着昆仑山不断隆升及河流的延伸被快速剥蚀并且再沉积形成的砂金矿床。