基于BLAST的数据清洗与质量控制方案

作者：刘奇; 孟珍; 刘勇; 董慧; 林小光; 杲艳平; 周园春; 黎建辉

来源：计算机工程, 2011, (04): 73-75.

• 序列比对
• 数据清洗
• 基本局部比对搜索工具
• 陆地植物系统发育平台 sequence alignment
• data cleaning
• Basic Local Alignment Search Tool(BLAST)
• Phylogenetic Analysis of Land Plant Platform(PALPP)

研究基本局部比对搜索工具(BLAST)在陆地植物系统发育平台中的应用。数据清洗方面结合基于基因注释的数据抽提与基于BLAST的相似性比对抽提,提取过滤相关的序列信息,控制序列质量,并剔除原始基因注释错误的序列。自测序列质量控制方面结合基于blastn的打分比对和基于blastp的模板比对,报告序列整体质量,控制污染序列和假基因的入库。

• 单位
  中国科学院; 中国科学院计算机网络信息中心